این پژوهشکده با گروه های پژوهشی زیر تشکیل خواهد شد .
1- گروه پژوهشی فیزیک و شیمی دریا
2- گروه پژوهشی هیدرولوژی و آبزیان
3- گروه پژوهشی علوم و فنون ساحلی و دریایی
4- گروه پژوهشی محیط زیست و اکوسیستم دریا
5- گروه پژوهشی رژیم حقوقی و مطالعات فرهنگی - اجتماعی خزر