پیروزی انقلاب شکوهمند اسلامی در بهمن ۱۳۵۷ و به دنبال آن استقرار نظام جمهوری اسلامی به‌جای نظام ستمشاهی پهلوی تغییر و تحول بنیادینی در عرصه‌های گوناگون اجتماعی ایجاب کرد. در این راستا مقوله فرهنگ از جایگاه و پایگاه ممتازی برخوردار است و تصور تغییر در نظام بدون تغییر در فرهنگ حاکم بر آن، تصوری ناموجّه است.
صدور پیام نوروزی امام‌خمینی(ره) در اول فروردین ۱۳۵۹ را باید نقطه عطفی در تاریخ انقلاب فرهنگی دانست، ایشان در بند ۱۱ این پیام بر ضرورت ایجاد انقلاب اساسی در دانشگاههای سراسر کشور، تصفیه اساتید مرتبط با شرق و غرب و تبدیل دانشگاه به محیطی سالم برای تدوین علوم عالی اسلامی تأکید کردند.
شورای انقلاب به دنبال ملاقات با امام (ره) در بیانیه ۲۹/۱/۵۹ خود مقرر کرد که دانشگاه باید از حالت ستاد عملیاتی گروه‌‌های گوناگون خارج شود. در این بیانیه، ۳ روز مهلت برای برچیده شدن دفاتر و تشکیلات گروهها در دانشگاهها تعیین و افزوده شده بود که امتحانات دانشگاهی باید تا ۱۴ خرداد به پایان برسد و از ۱۵ خرداد دانشگاهها تعطیل و هرگونه اقدام استخدامی و مانند آن در دانشگاه متوقف گشته و نظام آموزشی کشور براساس موازین انقلابی و اسلامی طرح ریزی شود.
پس از تعطیل رسمی دانشگاهها، امام‌خمینی (ره) در ۲۳/۳/۵۹ فرمانی را مبنی بر تشکیل ستاد انقلاب فرهنگی صادر کردند. در قسمتی از فرمان ایشان آمده است:
«مدتی است ضرورت انقلاب فرهنگی که امری اسلامی است و خواست ملت مسلمان میباشد، اعلام شده و تاکنون اقدام مؤثری انجام نشده است و ملت اسلامی و خصوصاً دانشجویان باایمان متعهد نگران آن هستند و نیز نگران اخلال توطئه‌گران که هم اکنون گاه گاه آثارش نمایان می‌شود و ملت مسلمان و پایبند به اسلام خوف آن دارند که خدای نخواسته فرصت از دست برود و کار مثبتی انجام نگیرد و فرهنگ همان باشد که در طول مدت سلطه رژیم فاسد کارفرمایان بی‌‌فرهنگ، این مرکز مهم اساسی را در خدمت استعمارگران قرار داده بودند.
بر این اساس به حضرات آقایان محترم محمدجواد باهنر، مهدی ربانی املشی، حسن حبیبی، عبدالکریم سروش، شمس آل‌احمد، جلال الدین فارسی و علی شریعتمداری مسؤولیت داده می‌شود تا ستادی تشکیل دهند و از افراد صاحب‌نظر متعهد، از بین اساتید مسلمان و کارکنان متعهد باایمان و دیگر قشرهای تحصیلکرده، متعهد و مؤمن به جمهوری اسلامی دعوت نمایند تا شورایی تشکیل دهند و برای برنامه ریزی رشته های مختلف و خط‌مشی فرهنگی آینده دانشگاهها، براساس فرهنگ اسلامی و انتخاب و آماده سازی اساتید شایسته، متعهد و آگاه و دیگر امور مربوط به انقلاب آموزشی اسلامی اقدام نمایند.»
ستاد انقلاب فرهنگی طبق فرمان امام (ره) ملزم بود که در برخورد با مسایل دانشگاهی فعالیتهای خود را بر چند محور متمرکز کند:
۱- تربیت استاد و گزینش افراد شایسته برای تدریس در دانشگاهها
۲- گزینش دانشجو
۳- اسلامی کردن جو دانشگاهها و تغییر برنامه‌‌های آموزشی دانشگاهها، به صورتی که محصول کار آنها در خدمت مردم قرار گیرد.
بر این اساس، ستاد از صاحبنظران مختلف دعوت به همکاری کرد و در اولین گام گروه‌‌های برنامه‌‌ریزی در رشتههای پزشکی، فنی و مهندسی، علوم پایه کشاورزی، علوم انسانی و هنر تشکیل شد. از آنجایی که مدیریت دانشگاهها در گذشته هماهنگ با فرهنگ اسلامی جامعه نبود، باید تغییراتی در مدیریت دانشگاهها به عمل می‌آمد، سازمان دانشگاهها باید دگرگون میشد و مهمتر از همه، محیط دانشگاهها اسلامی میشد. برای این منظور، کمیتهای در ستاد با عنوان کمیته اسلامی کردن دانشگاهها ، تشکیل شد.
با توجه به ناهماهنگی ضوابط و مقررات حاکم بر دانشگاهها با شرایط انقلابی جامعه، قسمت اعظم فعالیتهای ستاد بر اسلامی کردن دانشگاهها و تعیین ضوابط و مقرراتی منطبق با موازین اسلامی متمرکز شد.
در شهریور سال ۶۲ با توجه به نظر امام (ره) مبنی بر لزوم ترمیم و تقویت ستاد و مخصوصاً حضور مسئولین اجرایی در آن، به دنبال نامه رئیس جمهور وقت (آیت الله خامنهای)، امام امت در تاریخ ۸/۶/۶۲ طی نامهای به پیشنهاد رئیس جمهور مبنی بر ترمیم و تکمیل ستاد انقلاب فرهنگی پاسخ دادند و از این تاریخ ستاد با ترکیب ذیل به فعالیت خود ادامه داد: نخست وزیر، وزرای فرهنگ و آموزش عالی و فرهنگ و ارشاد اسلامی، ۲ نفر دانشجو به انتخاب جهاد دانشگاهی و آقایان علی شریعتمداری، احمد احمدی، عبدالکریم سروش و مصطفی معین.
با بازگشایی دانشگاهها و توسعه مراکز آموزشی و گستردگی فعالیت ستاد انقلاب فرهنگی، ضرورت تقویت این نهاد بیش از پیش احساس شد. بطوریکه در ۱۹ آذر ۱۳۶۳ دومین ترمیم عمده ستاد انقلاب فرهنگی توسط حضرت امام خمینی (ره) انجام گرفت و به این ترتیب شورای عالی انقلاب فرهنگی با ترکیبی جدید تشکیل شد.
در بخشی از این فرمان آمده است:
«خروج از فرهنگ بدآموز غربی و نفوذ و جایگزین شدن فرهنگ آموزنده اسلامی، ملی و انقلاب فرهنگی در تمام زمینه‌ها در سطح کشور آن چنان محتاج تلاش و کوشش است که برای تحقق آن سالیان دراز باید زحمت کشید و با نفوذ عمیق ریشه‌دار غرب مبارزه کرد. اینک با تشکر از زحمات ستاد انقلاب فرهنگی برای هر چه بارورتر شدن انقلاب در سطح کشور، تقویت این نهاد را لازم دیدم. بدین جهت علاوه بر کلیه افراد ستاد انقلاب فرهنگی و رؤسای محترم ۳ قوه، حجج اسلام آقای خامنهای، آقای اردبیلی و آقای رفسنجانی و همچنین جناب حجت الاسلام آقای مهدوی کنی و آقایان سیدکاظم اکرمی وزیر آموزش و پرورش و رضا داوری و نصرالله پورجوادی و محمدرضا هاشمی را به آنان اضافه نمودم.»
سومین ترمیم عمده شورای عالی انقلاب فرهنگی به سال ۱۳۷۵ برمیگردد. حضرت آیتالله خامنهای رهبر معظم انقلاب اسلامی در تاریخ ۱۴/۹/۷۵ با صدور پیامی ضمن تعیین ترکیب جدید اعضای شورای عالی بر اهمیت جایگاه و وظایف خطیر آن نیز تأکید نمودند.
بدین ترتیب شورای عالی انقلاب فرهنگی وارد مرحله جدیدی از حیات تشکیلاتی خود شد. در این مرحله شورای عالی انقلاب فرهنگی موظف گردید در رأس فعالیتهای خود به مدیریت فرهنگی جامعه در عرصه‌های مختلف بپردازد و با سیاستگذاریهای اصولی خود زمینه را برای پیدایش جامعهای بهرهمند از حیات طیبه الهی فراهم سازد.
